滤波电容器的主要作用是平滑电路中的电压波动，减少电源中的纹波电压。它通过存储电荷并在电压下降时释放电荷来维持电压的稳定。在直流电源中，滤波电容器能够有效地滤除交流成分，使得输出电压更加平稳，从而提高电路的性能和稳定性。